Opactwo Cystersów w Wąchocku zostało założone w 1179 roku przez biskupa krakowskiego Gedeona jako filia opactwa Morimond. Mnisi przybyli do Wąchocka z opatem Haymo, a już w 1218 roku papież Honoriusz III udzielił mu bulli protekcyjnej. Opactwo szybko zyskało bogactwo dzięki działalności gospodarczej.

    W XIII wieku klasztor był wielokrotnie najeżdżany przez Mongołów, co doprowadziło do zniszczenia zabudowań i śmierci wielu mnichów. Po jednym z takich najazdów, Bolesław Wstydliwy przyznał opactwu nowe dobra i sprowadził nowych cystersów z Morimond. W 1270 roku biskup Paweł z Przemankowa konsekrował odbudowany kościół klasztorny.

    W XV wieku opat Jan Klecisz podjął się renowacji, podnosząc szczyty kościoła i zmieniając jego dach. W XVI wieku wprowadzono dalsze zmiany w wystroju wnętrz, dodając renesansowe ołtarze oraz organy. Pożar w latach 1636-1643 wymusił gruntowną przebudowę.

    Opactwo przetrwało kolejne zniszczenia, w tym podczas potopu szwedzkiego, a cystersi rozpoczęli kolejne prace renowacyjne. W 1737 roku, na mocy konkordatu, królowie Polski zyskali prawo mianowania opatów komendatoryjnych. Po kasacie w 1819 roku mnisi zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru, a powrócili dopiero w 1951 roku.

    Klasztor, zbudowany wokół wirydarza, składa się z trzech skrzydeł, a jego architektura nawiązuje do wczesnych klasztorów benedyktyńskich. Elewacje budynku zdobią lizeny, gzymsy i fryzy arkadkowe. W 1666 roku zakończono prace budowlane, a klasztor wzbogacił się o nowe skrzydło zachodnie o charakterze pałacowym, które ma symetryczny plan z wieżyczkami i arkadami.

    Od 2011 roku opactwo jest gospodarzem festiwalu muzycznego „Muzyka w Opactwie Bach u Cystersów”, który odbywa się w kościele przyklasztornym, charakteryzującym się doskonałą akustyką. Wśród artystów, którzy wystąpili na festiwalu, znaleźli się Trinity Boys Choir oraz znani soliści. Organizacją koncertów zajmuje się Fundacja Wspierania Kultury Magna Res, co sprawia, że opactwo staje się nie tylko miejscem historycznym, ale również kulturalnym centrum regionu.