Muzeum Miejskie w Wadowicach jest położone w jednej z najstarszych kamienic w mieście, w bezpośrednim sąsiedztwie Domu Rodzinnego Ojca Świętego Jana Pawła II. Ten klasycystyczny budynek z początków XIX wieku, o charakterystycznym przedsionku i balkonie, jest wpisany do rejestru zabytków.

    W przeszłości pełnił różne funkcje - po wojnie mieściła się tutaj szkoła handlowa, a w 1968 roku Uniwersytet Jagielloński przekazał budynek miastu. Przez lata służył jako siedziba różnych instytucji, w tym Towarzystwa Miłośników Ziemi Wadowickiej, biuro PTTK i Dział Zbiorów Specjalnych biblioteki miejskiej. Mieściły się tu także mieszkania prywatne oraz galeria Biura Wystaw Artystycznych.

     Obecnie, dzięki zbiorom TMZW, na piętrze prezentowane są wystawy historyczne i artystyczne. Od 1996 roku budynek stał się oficjalną siedzibą Zbiorów Historycznych Ziemi Wadowickiej, a następnie Muzeum Miejskiego. W 2000 roku doszło do połączenia Muzeum Miejskiego z Wadowickim Domem Kultury i tworzą one jedną instytucję - Wadowickie Centrum Kultury im. Marcina Wadowity. Od tego czasu muzeum funkcjonuje jako integralna część tej instytucji.