Jaskinia Nietoperzowa znajduje się w górnej części Doliny Będkowskiej, na Wyżynie Olkuskiej, będącej częścią Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej. Znajduje się w Parku Krajobrazowym Dolinki Krakowskie i jest jedną z największych jaskiń tego regionu. Jej nazwa pochodzi od bogatych znalezisk szczątków kopalnych i współczesnych nietoperzy.

     Jaskinia jest znana od dawna, a jej historia pisana sięga pierwszej połowy XIX wieku. Już w 1841 roku A. Grabowski wspominał o wcześniejszym wydobywaniu namuliska, które wykorzystywano jako nawóz. W latach 1872–1879 O. Grube z Górnośląskiego Urzędu Górniczego prowadził tam przemysłową eksploatację, odkrywając 4000 kłów niedźwiedzi jaskiniowych, co znacząco uszkodziło pierwotne osady jaskini.

     Pierwsze badania archeologiczne przeprowadził hrabia Jan Zawisza w 1871 roku, odkrywając liczne zabytki i kości zwierzęce. W czasie eksploatacji nadzór archeologiczny sprawował F. Romer, który przekazał znaleziska do muzeum we Wrocławiu. W 1918 roku, za czasów właściciela Antoniego Ferdka, badania kontynuował Leon Kozłowski.

     Po II wojnie światowej systematyczne badania przeprowadzał Waldemar Chmielewski w latach 1956–1963. Jaskinia jest ważnym stanowiskiem górnopaleolitycznym, datowanym na około 38 000 lat, gdzie znajdowały się obozowiska łowców niedźwiedzia jaskiniowego. Odkryto tam krzemienne groty pozostawione przez ludzi współczesnych, tzw. łowców jerzmanowickich.

     Jaskinia była także scenerią dla filmów: w 1995 roku kręcono tu "Legendę o św. Mikołaju", a 5 listopada 1997 roku Jerzy Hoffman nakręcił tu scenę do filmu "Ogniem i mieczem".

     Dojazd do jaskini: Z trasy Olkusz – Kraków należy skręcić w miejsce oznaczone reklamą jaskini na wschodnim krańcu wsi Jerzmanowice. Jaskinia znajduje się około 1 km od drogi krajowej nr 94. 

     W pobliżu wejścia prowadzi niebieski Szlak Warowni Jurajskich oraz kilka lokalnych szlaków rowerowych. Przy jaskini znajduje się parking, a zwiedzanie odbywa się z przewodnikiem.